實驗室質量管理體系內部審核（簡稱內審）的實施是監視和測量實驗室內部質量管理有效性的重要手段，內審的著眼點在于發現問題，并致力于內部改進。那么，常見的內審問題有哪些呢？
一、無計劃
典型表現為未按照程序文件要求制定年度計劃或具體內審工作計劃。
二、領導對內審工作的認識不足
沒有將內審工作作為實驗室各部門和職工就質量管理問題向管理者反映意見的重要渠道，致使內審流于形式。
三、目的不明確
表現為部分實驗室員工的質量意識薄弱，一方面認為內審是挑毛病，因此工作不予以配合；另一方面認為內審工作可有可無，與己無關，是質量管理部門的事，因此應付了事，使得內審工作實施的有效性大打折扣。
四、與內審程序規定不一致
質量手冊和程序文件規定由質量負責人負責內審，批準內部審核計劃和內部審核報告，但在實際操作中，是由最高管理者負責并批準，存在實施性不符合。
五、未編寫內審檢查表，或不同檢查組在同一檢查時間使用同一檢查表并簽名
內部審核工作無記錄，或不同時間、不同內審員在審核不同部門時產生的記錄填寫在同一份記錄上，不符合邏輯，有事后追記的嫌疑。
六、內審不符合事實、描述不當，且無法追溯
這是許多實驗室存在的問題，如將某一不符合項描述為“記錄有涂改現象”，無法查證。
七、未覆蓋整個體系(如管理層)或一年內未能覆蓋所有要素
許多實驗室誤認為只審核檢測部門和支持部門，最高管理者、技術負責人和質量負責人不需要被審核。或一年內只對部分要素進行審核，未能覆蓋建立管理體系的所有要素，不夠全面。
八、有些不符合項的糾正措施停留在表面糾錯上
如報告編號未按照編號規則進行，在整改時，只是簡單地將錯編號的報告改過來，而沒有組織相關人員進行文件學習，并加強監督。
九、對不符合項進行原因分析時，只找客觀原因，不找主觀原因
如對于“未對所用方法標準進行查新”的原因分析為“工作太忙”，而不是找主觀原因，思想上不重視，沒有按照文件要求進行工作等。
十、不評價
內審報告不評價上次內部審核情況整改效果，不評價本次是否進步。
十一、每次內審發現的不符合項相同或相似
一些實驗室平時不重視內審工作，當遇到外審時，急忙補充有關內審材料，用往年的內審情況，不知道這樣會導致更嚴重的不符合，即以往的不符合項整改所采取的糾正措施無效。
十二、未使用辦公自動化系統，但從頭到尾均為打印，不合邏輯
如在3月1日內審發現的不符合項，3月3日進行原因分析，3月10日采取糾正措施，3月30日完成整改，但所有的記錄內容均在該表上打印出來，用手工簽名，明顯不符合邏輯。
十三、內部審核依據(如有關準則)和文件規定不一致
內審表的編制情況、內審計劃中審核依據與體系文件編制依據不符合。
